Aun cuando no había rendido protesta como comisionada del Consejo de Información Pública local, María Elena Pérez-Jaén reclama al Instituto de Acceso a la Información Pública del Distrito Federal (InfoDF) el pago de nueve meses de salarios caídos –de julio de 2003 a marzo de 2004–, incluyendo prestaciones como prima vacacional, vales de despensa y de fin de año, por más de un millón de pesos.

En menos de tres años, Pérez-Jaén ha demandado en dos ocasiones por salarios no cubiertos al InfoDF, organismo que en 2007 la reinstaló como comisionada y le pagó alrededor de 700 mil pesos por ese concepto.

Pese a lo anterior, en marzo de 2008, la comisionada inició otro juicio laboral exigiendo el citado pago argumentando que se le adeudan los salarios correspondientes al periodo del 11 de julio de 2003 al 2 de marzo de 2004.

En el recurso presentado en el Tribunal Federal de Conciliación y Arbitraje, el cual comenzó a circular en la Asamblea Legislativa del Distrito Federal, Pérez-Jaén advierte que para calcular el monto de su pago mensual correspondiente a 2003 se debe tomar como base el salario de un magistrado del Tribunal Superior de Justicia, el cual era de 128 mil 511.58 pesos, más 10 días hábiles de sueldo base en dos exhibiciones iguales a 42 mil 830 pesos como prima vacacional; más 40 días de sueldo integrado por gratificación de fin de año, que es igual a 171 mil 320 pesos, más el estímulo económico y vales de fin de año, y por antigüedad.

Lo que da un total, salvo error y omisión y sin calcular las otras prestaciones, de 985 mil 219.48 pesos, remarca la comisionada en su demanda, y amplía que en el caso de enero a marzo de 2004 se le debe cubrir lo equivalente a 46 días de salario mínimo vigente en ese momento, es decir, 62 mil 431.20 pesos mensuales.

Al revisar los antecedentes del InfoDF se advierte que los integrantes del entonces Consejo de Información Pública del Distrito Federal rindieron protesta el 2 de marzo de 2004; sin embargo, Pérez-Jaén exige se le pague los meses que transcurrieron entre esa fecha y el 11 de julio de 2003, día en que la Asamblea Legislativa los nombró consejeros.

En el lapso en que son nombrados y rinden protesta, la Suprema Corte analizó la controversia que el gobierno local presentó en contra de la creación del Consejo de Información Pública del Distrito Federal.

El 23 de noviembre de 2003 los ministros resuelven que debe instalarse el citado consejo, pero es hasta el 2 de marzo cuando los consejeros rinden protesta y comienzan a trabajar.

Tres años después la ALDF reforma la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública local, desapareciendo el consejo y creando en su lugar el instituto, por lo que se remueve a sus integrantes, entre ellos Pérez-Jaén, quien impugna esta decisión.

En 2007, un juez ordena que sea restituida en el cargo y el pago de los salarios caídos.