Detenciones

1995: Gastón Ayala Beltrán, El Gas; 1996: Alfredo Hodoyán Palacios, El Lobo; Cabrera Castro El Piedra; Fausto Soto Miller, El Chef; Emilio Valdez Mainero; 1997: Gerardo Cruz Pacheco, El Capi; Alfredo Navarro Lara; Rodrigo Villegas Bond, El Roque; Arturo Everardo Páez Martínez; 1998: Amado Cruz Anguiano; Fernando Gastélum Lara; Gabriel Alfredo Valdez Mainero, El Radioloco; Aldo Higuera, El Mayelito; 2000: Jesús El Chuy Labra Avilés; Ismael Higuera Guerrero, El Mayel; Carlos Charry Guzmán; 2001: Rigoberto Llanes Guerrero, El Primo; Ivonne Soto Vega, La Pantera.

De 1996 a 1998, las autoridades lograron detener primordialmente a sicarios de la organización, tanto de los llamados narcojuniors, que operaban en ambos lados de la frontera entre México y Estados Unidos, como en Tijuana, Sinaloa y Sonora.

Los mayores golpes contra la estructura ''corporativa'' del cártel de Tijuana se inician a finales del sexenio de Ernesto Zedillo, cuando al frente de la Fiscalía Especializada para la Atención de Delitos contra la Salud (FEADS) estaba Mariano Herrán Salvatti, y en el área de investigaciones José Luis Santiago Vasconcelos.

En 2001 se destruye la célula que servía de enlace entre los cárteles colombianos y los Arellano Félix, al detener a su principal contacto, Rigoberto Llanes Guerrero, quien operaba desde el Distrito Federal, y además la UEDO, ya con Vasconcelos al frente, logra la captura de Ivonne Soto Vega, la principal operadora financiera (lavadora de dinero).