La orden para recuperar las instalaciones de la petroquímica Antonio Dovalí Jaime fue que todos los agentes federales que acudieran a Nochixtlán, Oaxaca, lo hicieran sin armas de fuego. Sin embargo, alrededor de 100 agentes de la Gendarmería llegaron armados, desobedeciendo la decisión tomada en la capital del país.

Esto contradice la versión oficial de que la presencia de esta corporación en el lugar fue hasta que se tuvo conocimiento de disparos de los habitantes, miembros de la CNTE o de organizaciones sociales que apoyaban al movimiento magisterial, porque los agentes armados llegaron desde una noche antes (18 de junio), revelaron funcionarios que participan en el gabinete de seguridad nacional.

La versión ofrecida por el comisionado general de la Policía Federal, Enrique Galindo Ceballos, fue que agentes desarmados fueron atacados a balazos, por lo que más tarde llegaron refuerzos con armas.