En la tumba de Bonfilio, su hermano José Rubio Villegas prometió a sus padres que lucharía para que los militares que lo asesinaron fueran encarcelados. Antes de partir, su madre Margarita le había dado la bendición para que pudiera cruzar la frontera y conseguir trabajo en Nueva York. Por su parte, don Secundino consiguió 3 mil pesos para apoyarlo en su viaje. Bonfilio todavía fue a sembrar al cerro Tliltepec, en Tlatzala, Guerrero.
En la noche del 20 de junio de 2009, Bonfilio salió de Tlapa en autobús. Aún no daban las 11 de la noche cuando la unidad se detuvo en la entrada de Huamuxtitlán. Los militares ordenaron al chofer que bajara a los pasajeros. De modo arbitrario procedieron a revisarlos y registraron sus pertenencias que dejaron en el portabultos. Al notar que uno de los jóvenes portaba botas tipo militar, de inmediato le ordenaron que se separa del grupo. Varios soldados lo rodearon y empezaron a interrogarlo. Pidieron que se identificara y que dijera por qué llevaba esas botas. Con esa visión conspirativa que persiste en el Ejército, dedujeron que se trataba de una persona peligrosa. Al chofer le dijeron que el joven Fausto Saavedra se quedaría para ser investigado. El conductor manifestó que sólo seguiría su marcha si los militares se responsabilizaban de su detención y firmaban el registro de los pasajeros. Su oposición generó un altercado. Al final, un soldado de mala manera sólo anotó: “Retén militar pasajero 22”. La molestia del chofer se hizo explícita al arrancar el motor pisando fuerte el acelerador. Por esa acción, los militares dispararon directamente al autobús.
Bonfilio ocupaba el asiento 45. La bala que se le incrustó en el cuello lo mató. Los gritos de los pasajeros obligaron a que el chofer se detuviera en la entrada de Huamuxtitlán. La acción temeraria del Ejército no concluyó con la incrustación de las balas en el autobús. En su persecución detuvo al chofer y nuevamente bajó a los pasajeros. En lugar de auxiliar a Bonfilio, los militares sembraron cinco paquetes de mariguana para justificar su fechoría. Consumaron la ejecución arbitraria de Bonfilio, la detención ilegal del conductor Francisco Pizano y la del joven Fausto Saavedra. El personal de la entonces Procuraduría del estado hizo constar que en la parte trasera del autobús encontraron “una sudadera salpicada de sangre y una bolsa que llevaba un paquete de sal, otra con frijol y una más con chile seco”. Era la dieta de Bonfilio para su viaje.
El maestro José sólo esperaba buenas noticias de su hermano de 35 años. Los gritos de un vendedor de periódicos en el zócalo de Tlapa lo desconcertaron, porque escuchó el nombre de Bonfilio. La foto le impactó porque en verdad era su rostro desfigurado. José sintió que el corazón le fallaba. La compañía y la fuerza de Verónica, su esposa, le ayudaron a emprender un camino escabroso para exigir justicia. Nunca olvidaron el momento en que el Ministerio Público los miró con desdén y se encerró en su privado con los militares. Ahí, a unos metros, tergiversaron los hechos. Este desprecio a su dolor fue el resorte que los impulsó para encarar al Ejército. A pesar de las amenazas e intimidaciones que en todo el momento recibieron, José se mantuvo incólume. Nunca bajó la guardia y encaró a quienes ofrecían el pago por su silencio. Su cultura nahua le enseñó a nunca traicionar a su gente, mucho menos lucrar con la sangre de su hermano.
En medio de su enfermedad, José Rubio dio la pelea en la fiscalía del estado, porque exigió en todo momento que la investigación permaneciera en el fuero civil. Nunca le notificaron que habían declinado competencia en favor de la procuraduría militar. La Comisión Nacional de los Derechos Humanos se mantuvo distante de la familia. Tuvieron conocimiento por un boletín de prensa, que había una recomendación contra la Sedena al resolver que los militares del 93 Batallón de Infantería privaron arbitrariamente de la vida a Bonfilio Rubio. En su afán de justicia, el maestro José se amparó para impugnar la declinación de competencia de las autoridades civiles. En este recurso señaló como autoridades responsables de violar la Constitución a todas las involucradas en el proceso legislativo por la promulgación del Código de Justicia Militar. Demandó al presidente de la República, por promulgar este código, al titular de la Sedena y al juez militar encargado de la investigación.
El 2 de diciembre de 2011 se concedió la protección de la justicia federal a José y su familia por la ilegal extensión del fuero militar y se determinó que el juez castrense enviara en breve el expediente al fuero civil federal. Por su parte, la Sedena, en representación del presidente de la República, impugnó la sentencia. Ante esta postura del Ejército, José Rubio solicitó que el expediente fuera remitido a la Suprema Corte de Justicia de la Nación. El 13 de febrero de 2012, el pleno de este tribunal determinó reasumir su competencia originaria para conocer el recurso de revisión.
El 21 de agosto de 2012, con la ponencia presentada por la ministra Olga Sánchez, ocho miembros del tribunal supremo resolvieron el amparo en revisión, ordenando que la causa penal iniciada por el caso de Bonfilio fuera remitida al fuero civil federal. Por primera vez los ministros declararon la inconstitucionalidad del artículo 57 del Código de Justicia Militar y las víctimas podían coadyuvar con instancias de justicia.
A pesar de esta lucha histórica, la línea de investigación impulsada por el fuero militar se mantuvo intacta y las autoridades civiles se plegaron a este poder impune, otorgando libertad al único militar procesado. Ante la imposibilidad de acceder a la justicia en México, José, quien desde hace dos años enfrentaba los estragos de la insuficiencia renal, porque diariamente se tenía que dializar, nunca se dio por vencido. El 22 de febrero fue otra noche de infortunio para José, Verónica y sus cuatro hijos. Con la presión alta, José trató de sobreponerse para llegar al consultorio del Issste. En el camino su corazón se colapsó. Se fue con la ilusión de que la Comisión Interamericana de Derechos Humanos admita el caso de su hermano Bonfilio. Una corona sobre su tumba rezaba: “Maestro José, tú nos enseñaste a luchar por la justicia”. Tu testimonio es la luz en esta noche de infortunio.
